玩客云做网站宁波seo培训
玩客云做网站,宁波seo培训,重庆百度seo公司,商城手机网站设计临床医生在面对早期肾脏疾病患者时#xff0c;常常难以准确判断哪些人的病情会迅速恶化并最终导致器官衰竭。 2024年7月24日#xff0c;《Nature Genetics》杂志发表了由宾夕法尼亚大学Katalin Susztak团队完成的研究#xff0c;该研究利用单细胞多组学和空间解析技术识别出…临床医生在面对早期肾脏疾病患者时常常难以准确判断哪些人的病情会迅速恶化并最终导致器官衰竭。2024年7月24日《Nature Genetics》杂志发表了由宾夕法尼亚大学Katalin Susztak团队完成的研究该研究利用单细胞多组学和空间解析技术识别出一种能够预测肾脏疾病进展的“纤维化微环境”。今天我们就来拆解一下这篇文章Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression。研究概述肾脏是由30多种细胞类型构成的复杂三维结构慢性肾脏病CKD通常表现为肾小球滤过率下降和纤维化。传统组织病理学在评估疾病预后方面存在局限性。本研究通过分析健康和患病糖尿病、高血压的人类肾脏样本构建了高分辨率的空间分子图谱定义了肾小球、免疫、小管和纤维化四种不同的组织微环境ME。研究重点阐明了纤维化微环境FME的细胞组成及其在预测肾功能衰竭风险中的临床价值。实验设计研究收集了来自58名受试者的81份人类肾脏组织样本涵盖健康对照组n36和慢性肾脏病组n45。实验方案整合了液滴法单细胞RNA测序scRNA-seq、单细胞核RNA测序snRNA-seq以及单细胞核转座酶可及染色质测序snATAC-seq。为了获取空间信息研究采用了Visium斑点水平和CosMx单细胞分辨率两种空间转录组平台并结合影像质谱IMC进行蛋白质水平验证。研究结果图1研究整合了338,565个细胞/细胞核数据构建出包含114种不同细胞亚型或状态的多模态人类肾脏单细胞图谱。图2通过结合Visium和CosMx平台研究人员在肾脏解剖结构原位精确映射了各细胞亚型并识别出足细胞、近端小管等细胞的空间标记物。图3基质细胞异质性分析显示肌成纤维细胞在疾病样本中频率增加且在该细胞亚群中观察到最高的细胞外基质ECM产生评分。图4计算定义的纤维化微环境FME与组织学纤维化评分高度相关并揭示了受损小管细胞、基质细胞与免疫细胞间的空间相互作用。图5受损近端小管iPT细胞在FME中显著富集并分化为VCAM1和HAVCR1两个具有不同代谢与粘附特征的亚群。图6在292例人类肾脏的大型外部队列中基于FME基因签名构建的风险评分成功预测了患者肾功能下降和肾衰竭的发生。数据分析生信分析本研究涉及的组学技术包括 scRNA-seq、snRNA-seq、snATAC-seq、Visium FFPE 空间转录组、CosMx 空间单细胞成像、影像质谱IMC以及大批量转录组Bulk RNA-seq。分析流程研究利用 SCVI 工具对不同模态的单细胞数据进行整合。针对空间数据采用 Cell2location 算法对 Visium 斑点进行细胞类型贡献估算并通过 CellTrek 算法将解离的单细胞数据投射至组织原位实现近单细胞水平的制图。使用非负矩阵分解NMF识别组织内的微环境模块。应用 CellChat 和 COMMOT 软件分析纤维化微环境内部的细胞通讯路径。统计分析连续变量的比较采用了独立样本 t 检验两组间或单因素方差分析ANOVA多组间及 Bonferroni 事后检验。肾脏生存分析采用 Kaplan-Meier 方法和 Log-rank 检验并利用 Cox 比例风险模型估算风险比HR。通过 LASSO 回归从 FME 基因集中筛选出用于预后预测的关键基因子集。总结研究意义本研究建立了空间解析的人类肾脏分子图谱阐明了纤维化过程中复杂的细胞交互网络。研究证明了空间转录组技术在临床预后评估中的实用性其定义的 FME 基因签名在预测肾功能衰竭方面优于传统的病理形态学观察为精准医疗提供了新的生物标志物。文章复现这篇文章的原始数据和生信分析代码都公开了非常全面。原始数据编号及仓库地址如下• GEO Accession (单细胞及空间数据): GSE211785• Bulk RNA-seq Accessions: GSE115098, GSE173343• 交互式数据展示网站:• https://susztaklab.com/hk_genemap/• https://susztaklab.com/samui/• 分析代码 GitHub 地址:• https://github.com/amin69upenn/Human_Kidney_Multiomics_and_Spatial_Atlas_• https://github.com/jlevins2010/FME_atlas推荐阅读中国银河生信云平台UseGalaxy.cn致力于零代码生信分析。平台拥有海量计算资源、3000 多个生信工具和数十条生信流程并且为用户提供 200G 免费存储空间。进群交流请先加 usegalaxy 为好友。最佳Galaxy生信云平台教程从入门到精通图文版转录组分析流程和工具大全最强总结全网最佳WGCNA分析教程一键完成一文搞懂GSEA富集分析一文详解细菌耐药性生信分析:从下机数据到耐药基因鉴定一文学会从测序数据到构建系统发育树超全面的详细步骤与软件指南经典生信流程推荐课程我们还为进阶用户提供高质量培训课程欢迎参加RNA-seq数据分析实战 | 2026年第2期开启你的生信学习之旅